Isu konflik di antara agama nampaknya tidak akan pernah selesai. Kes-kes yang menimbulkan ketidakpuasan hati di kalangan penganut agama sering muncul. Kita tidak dapat memisahkan ekstremisme agama dengan budaya di mana agama tersebut muncul. Malah kita tidak dapat menghapuskan ekstremisme tanpa mengubah budaya tersebut. Terdapat beberapa faktor yang menyebabkan konflik agama berlaku akan dibincangkan seterusnya.
Punca pertama konflik antara agama ialah pandangan yang berbeza antara penganut. Setiap agama mengajar penganutnya supaya menjadi insan yang baik, bertolak ansur, serta menghormati agama lain. Namum demikian, pandangan yang berbeza antara penganutnya menyebabkan berlakunya konflik antara agama lain. Mereka juga menganggap ajaran agama mereka ialah benar serta tidak menerima pandangan atau menghormati ajaran agam lain. Hal ini kerana, segelintir penganut tidak menerima pandangan penganut agama lain. Hal ini menyebabkan, berlakunya perselisihan faham antara agama dan mencetus konflik.
Selain itu, perbezaan tingkat kebudayaan juga merupakan salah satu faktor berlakunya konflik agama. Agama juga dikenali sebagai sebahagian daripada budaya bangsa manusia. Kenyataan ini membuktikan bahawa terdapat pelbagai budaya dan bangsa di dunia.
Faktor yang paling utama ialah berkenaan pengaruh Politik kepartian dan kepimpinan parti yang tiada kawalan. Masyarakat menyatakan siapakah yang ingin mengawal masalah ini sekiranya individu yang berpengaruh itu sendiri yang sibuk mempengaruhi masyarakat dengan mewujudkan jurang mereka dengan pesaing mereka dari parti yang berbeza. Semakin kuat usaha berkempen, semakin jurang diwujudkan. Lebih parah lagi sekira kebenaran dikaburi dan kelemahan ditutupi. Apabila diajukan soalan lisan berkenaan siapakah individu pemimpin, mereka lebih bersetuju untuk menyatakan punca dari penyokong kuat parti yang taksub dan tiada toleransi (semangat demokrasi sebenar). Politik boleh dianggap teras utama kestabilan negara, justeru jalan penyelesaian bersama perlu diberi perhatian serius. (Harris Jadi. 1990)
Faktor yang seterusnya ialah kelainan bahasa pertuturan. Contohnya kaum melayu yang tidak memahami apa yang rakan Cina dan India bualkan dalam bahasa mereka yang berbetulan berada dalam kawanan mereka. Faktor di atas disokong oleh pernyataan berkenaan kelainan ras, genetik dan etnik. Walaupun hakikat bahawa Cina, India dan Melayu adalah dari ras yang sama, mereka tidak mahu berkongsi bahawa mereka adalah sama sepenuhnya, dengan hakikat bahawa mereka berbeza dari pelbagai sudut. Lebih-lebih lagi kebanggaan terhadap perbezaan tersebutlah yang menyumbang pemilihan faktor ini sebagai antara faktor konflik.
Percanggahan pendapat antara pemimpim juga menyebabkan konflik agama terjadi kerana masing-masing akan mempertahankan nilai-nilai sendiri yang dipegang. Kewujudan golongan yang berkedudukan tinggi dalam sosio-masyrakat hanya menambahkan jurang perbezaan antara masyarakat. Kadang kala ada di antara golongan politik ini memainkan peranan sebagai orang perantaraan dalam masalah konflik agama yang timbul. Bagi golongan yang mempunyai motif atau agenda yang tersendiri, mereka akan berusaha mencari jalan demi mencapai matlamat yang diingini. Keadaan ini menyebabkan mereka sanggup mempergunakan pengikut mereka sendiri. Bagi mereka yang fanatic terhadap sesuatu kumpulan, mereka sanggup melakukan apa sahaja yang disuruh oleh ketua mereka. Malah, ada antaranya sanggup menjalakan rusuhan, membuat demostrasi, dan menimbulkan kekecohan tanpa menghiraukan keselematan orang awam.
Seterusnya, faktor kemiskinan juga menyebabkan konflik agama berlaku. Hal ini kerana, faktor kemiskinan merupakan salah satu medium yang sangat mudah untuk mempengaruhi pemikiran dan pandangan masyarakat. Dalam keadaan kemiskinan, amat susah dan sukar untuk dibicara mengenai agama kerana semua orang akan berfikiran kritis terhadap apa jua yang diperkatakan. Faktor kemiskinan ini juga menjadikan jurang perbezaan taraf atanra masyarakat semakin meningkat. Keadaan ini juga menyebabkan ada Negara yang berkuasa besar cuba menindas Negara yang lemah.
Kesimpulannya, semua pengganut agama di dunia ini perlu memainkan peranan dalam menjaga hubungan antara agama. Saling menghormati dan bertolak ansur antara agama itu penting untuk menjaga hubungan sesama pengganut agama. Sebagai masyarakat yang hidup dalam dunia yang mempunyai pelbagai agama perlu mempunyai pengetahuan yang tinggi mengenai agama sendiri dan juga agama yang lain. Hal ini adalah kerana demi menjaga keharmonian sesame masyarakat yang mempunyai pelbagai pengganut agama.