Indi?? werd vanuit Batavia geregeerd. In Batavia zetelde de Raad van Indi??, ook wel de hoge Indische Regering genoemd. Aan het hoofd van deze raad stond de Gouverneur-Generaal. De bekendste Gouverneur-Generaal was Jan pieterzoon Coen. Onder de Gouverneur-Generaal stonden de zes raden van Indi??. De leden van deze raden werden benoemd uit de gewesten van Indi??. Beslissingen konden niet zonder toestemming van de Raad van Indi?? genomen worden. De Raad van Indi?? werkte nauw samen met de Heren XVII. Alle beslissingen die zij nam werden gecorrespondeerd met de Heren XVII. De Gouverneur-Generaal had geen absolute macht binnen de Raad van Indi??. De gouverneur-Generaal was wel de eerste man te ‘rade’ binnen Indi??. Hij had niet de macht om buiten de raad om belangrijke beslissingen te nemen.De directeur generaal was de tweede persoon in Indi??. Hij had het oppertoezicht over alle handel in van de VOC in Azi??.
Elk van de zes Indische Raden bestond uit een persoon. Het idee achter deze raden was dat ieder van hen een bepaalde functie had. Een van de functies wasvisitateur-generaal, zijn taak was de boekhouding controleren. Een andere taak was de raad van justitie, deze ging over de rechtspraak. Er was ook iemand die zich met de militaire zaken bemoeide. Een ander bemoeide zich weer met de scheepvaart. De gouverneur-Generaal en de Directeur- Generaal waren de overige twee leden van deze raad. Het gebeurde alleen vaak dat ene van deze functies onbezet was. Dit gebeurde door overlijden of door andere omstandigheden. Daarom werd de Raden extra-ordinair opgericht. Iemand uit deze raad zou dan tijdelijk de plek van de afwezige persoon overnemen binnen de Raad van Indi??, totdat er een vervanger was gevonden.
Het bestuur dat vanuit Indi?? geregeld werd had ook nog zes colleges. Het eerste college was het college van schepenen. Deze werd opgericht in 1620. De taak van dit college was rechtspreken over iedereen die niet in dienst was van de VOC. In dit college zaten burgers en mensen die in dienst waren bij de VOC. Het hoofd van de Chinese gemeenschap deed rechtspraken over de chinezen in Indi??. De leden van het college werden voor een jaar gekozen. De raad van Indi?? bepaalde op haar beurt dan weer wie er in dit college mochten.
Het tweede college was de Weeskamer van Batavia. Deze werd opgericht in 1624. De taak van de weeskamer was het opvoeden en verzorgen van weeskinderen. Ook het verzorgen van minder begaafden was de taak dan de Weeskamer. In het begin bestond de Weeskamer uit twee dienaren van de VOC en drie burgers. In 1670 werd dat veranderd naar drie VOC dienaren en vier burgers.
Er waren voor de rest nog vier andere colleges. De raad van justitie ging over de rechtspraak. Zij bestond uit twee fiscalen. Haar taak bestond uit het uitzoeken van misdaden en het aanklagen van de daders. Het college van Heemraden moest de grenzen in Indi?? uitzetten. Haar andere taak was het onderhouden van bruggen, wegen, dijken etc. Het college van Huwelijkszaken ging over de burgerlijke stand in Batavia. De visiteur-Generaal ging over de boekhouding. Hij moest niet zozeer de boekhouding bijhouden maar hij moest de boekhouding controleren.
