Op 17 april 1961 zetten twee Amerikaanse schepen 1200 Cubaanse ballingen aan land in de Varkensbaai. Het plan was dat zij het land in zouden trekken, onderweg steun zouden verwerven en vervolgens de macht op het eiland zouden overnemen. Dit was alleen niet wat er gebeurde. De mannen werden aan land gezet, maar de schepen werden direct daarna door de Cubaanse luchtmacht tot zinken gebracht. Toen de binnendringers landinwaarts trokken bleek dat niemand hen wilde volgen. De VS besluit hierop zes bommenwerpers te sturen om Castro’s troepen te bestoken. Op 19 april kwam er een einde aan de invasie, wat een nederlaag voor de Amerikanen betekende. Castro had meer dan 1000 krijgsgevangenen gemaakt. Castro doet een greep op verzoening, maar Kennedy accepteert het niet, hij zal het niet tolereren dat er een communistische staat zo dicht bij de VS zou liggen. Castro bleef bang voor een invasie en vroeg de Verenigde Naties om hulp. Maar het merendeel van de leden durfde Cuba geen steun te geven, door de invloed van de VS. Daarom ging Castro steun vragen bij de Sovjet-Unie en Chroetsjov was wel bereid deze te geven. Dit deed Chroestjov om politieke redenen. Cuba was een communistische staat, maar nu kon de SU nucleaire raketten in Cuba plaatsen die zo een bedreiging vormde voor de VS net zoals de VS dat had gedaan in Turkije. De Russische nucleaire wapens werden in het geheim naar Cuba vervoerd. Op 29 augustus 1962 fotografeerde een Amerikaans U2 spionagevliegtuig iets was leek op een lanceerinrichting voor raketten en toen op 15 oktober meer foto’s binnenkwamen werd het duidelijk. Er werd een nucleaire lanceerbasis op Cubaans grondgebied opgebouwd. De VS voelde zich bedreigd en verraden en al helemaal omdat Chroetsjov aan Kennedy had verteld dat hij nooit raketten zou plaatsen op Cuba. Kennedy riep op 16 oktober en groep adviseurs bijeen, onder de naam EX-COMM, het uitvoerende comit?? van de veiligheidsraad van de VS. Sommige waren voor het oplossen op een vredige manier, maar anderen waren voorstander van een directe luchtaanval gevolgd door een invasie en de plannen voor een invasie waren er al.
De eerste dagen werd er niks aan het Amerikaanse volk verteld om geen paniek te veroorzaken. Maar de angst dat de Sovjets erachter zouden komen dat de Amerikanen iets wisten van de raketten op Cuba baarde Kennedy meer zorgen.
Uiteindelijk bedacht EX-COMM twee mogelijke oplossingen. De eerste was een invasie en de tweede, waar Kennedy uiteindelijk voor koos, was ‘quarantaine’, een marineblokkade, die de bevoorrading van Cuba door de Sovjets onmogelijk zou maken. Op 21 oktober fotografeerden spionagevliegtuigen bommenwerpers en Russische Mig gevechtsvliegtuigen op vliegvelden aan de noordkust van Cuba.
Op 22 oktober 1962 sprak hij het land toe over zijn besluit om de quarantaine in te voeren. Hij noemde het zo omdat een blokkade in het internationale recht beschouwd werd als een daad van oorlog. Kennedy argumenteerde dat dit de Sovjets de tijd bood om na te denken over hun positie. De Amerikaanse raketten werden op scherp gezet. Maar de quarantaine kwam eigenlijk al te laat, omdat er al ontzettend veel wapens en troepen op Cuba aanwezig waren en er was nog een schip met raketten onderweg. Voor Chroetsjov kwam dit niet verwacht. Hij had niet verwacht dat de VS bereid zou zijn om oorlog te voeren om Cuba. Chroetsjov waarschuwde Kennedy dat de Russische raketten slechts voor defensieve doeleinden geplaatst waren. Choetsjov beval echter de kapiteins om zich terug te trekken, maar het was onduidelijk door de slechte communicatie of dit ontvangen was. Toen de quarantaine vanaf tien uur ‘s ochtends op 24 oktober van kracht ging was de VS bang dat zij het vuur moesten openen. Maar uiteindelijk om half elf ‘s ochtends keerden de Russische schepen om. Maar hiermee was het nog niet voorbij. Op 24 oktober werd de Amerikaanse strijdkrachten bevolen tot DEFCON 2 over te gaan, de hoogste staat van militaire paraatheid. De VS kon nu elk moment een aanval doen op Cuba of de SU.
Die dag had een Amerikaanse piloot die in een spionagevliegtuig boven Cuba vloog gezien hoe een raketlancering werd getest. Chroetsjov had vanaf het begin nooit gedacht dat de VS ook zijn dreigementen na zou komen, maar toen de quarantaine werd ingesteld begon hij toch te twijfelen. Op 26 oktober stelde hij voor de Cubaanse raketten te verwijderen als de VS zouden beloven geen invasie te plegen. Maar op 27 oktober werd een Amerikaans spionagevliegtuig neergeschoten en andere Amerikaanse vliegtuigen werden beschoten. Moskou beweerde dat de soldaat zonder orders had gehandeld. Maar dit was alleen maar gevaarlijker, want als ze geen controle hadden over hun manschappen, zou dit diplomatie op hoog niveau, die de crisis moest helpen be??indigen, bemoeilijken.
Diezelfde dag nog werd er ook geschoten op een ander Amerikaans vliegtuig boven Alaska. Deze vloog zonder intentie over Russisch grondgebied en er werd op het geschoten, waarna hij van koers wijzigde.Maar dan verhoogd Choetsjov de inzet, want in een tweede bericht eiste hij dat de VS al hun raketten van Turkije zouden terugtrekken. Hiermee had Choetsjov het conflict verbonden aan de Koude Oorlog in Europa. Maar als de VS hun raketten zouden verwijderen uit Turkije, zou dit de NAVO kunnen ondergraven. Hierdoor werd het vinden van een oplossing nog moeilijker. Via de VN handelen was geen optie, want toen de SU op 25 oktober tijdens een vergadering van de VN naar de raketten werd gevraagd, weigerde zij te antwoorden. Kennedy ging niet in op het tweede bericht van Choetsjov en stuurde een bericht terug, waarin hij inging op de voorwaarden die Choetsjov stelde in zijn eerste bericht. De VS ging akkoord geen invasie te plegen als de Sovjets hun manschappen en raketten terug zouden trekken. Op 28 oktober 1962 ging Chroetsjov akkoord met de voorwaarden. Kennedy nam hiermee het woord van Chroetsjov, ondanks dat sommige Amerikaans generaals het niet vertrouwde en stemde alsnog voor een aanval op Cuba. Pas op 21 november besloot Kennedy de staat van paraatheid te verlagen van DEFCON 2 tot DEFCON 4. Dit was de dag dat alle Russische raketten verscheept waren vanuit Cuba, opgesteld op het dek van de schepen zodat de Amerikaanse piloten het aantal raketten nauwkeurig konden tellen, en de Russische bommenwerpers waren ontmanteld.Maar beide partijen bleven elkaar wantrouwen. Ieder was bang dat de ander in het voordeel zou komen en dus ging de nucleaire wapenwedloop gewoon door.
